Для решения этих проблем необходимо знать как система индексирует уведомления, создаваемые приложением. Каждое приложение может создать сколь угодно много уведомлений, но чтобы иметь возможность обновить определенное уведомление, либо отменить его — необходимо присвоить каждому из уведомлений свой уникальный ID. Ниже код реализации создания уведомления при старте загрузки файла на сервер и его отмены, по окончании загрузки:

//Кеш, хранящий список id активных на данный момент уведомлений
private List<int> _notificationCache = new List<int>();

private void UploadFile()
{
    //получим рандомный ID для уведомления, при этом он не должен пересекаться с уже существующими (для этого используем кеш)
    Random r = new Random(System.Environment.TickCount);
    int notificationId = 0;
    while (notificationId == 0 || _notificationCache.Contains(notificationId))
    {
        notificationId = r.Next(1, 1000);
    }
    _notificationCache.Add(notificationId);
    //
                
    Notification.Builder builder = new Notification.Builder(Activity);
    builder.SetSmallIcon(Resource.Drawable.file_32x32)
        //устанавливаем заголовок для уведомления
        .SetContentTitle(filename)
        //в дескрипшне будет храниться наша строка "Загружаю файл на сервер..."
        .SetContentText(Activity.GetString(Resource.String.attachement_uploading))
        .SetAutoCancel(false)
        //запрещаем отмену уведомления пользователем
        .SetOngoing(true)
        //разрешаем уведомлению появиться в статус баре, мигать светодиодом и т.п.
        .SetDefaults(NotificationDefaults.All);

    NotificationManager manager = (NotificationManager)Activity.GetSystemService(Activity.NotificationService);
    manager.Notify(notificationId, builder.Build());

    //////////////////////////////////////////
    // ... код загрузки файла на сервер ... //
    //////////////////////////////////////////

    //отменяем уведомление и удаляем его ID из кеша
    manager.Cancel(notificationId);
    _notificationCache.Remove(notificationId);
}